Tiến sĩ Masanari sinh tại thành phố Shimonoseki, Nhật Bản. Ông học về khoa khảo cổ học ở Đại học Tokyo, ông nói tiếng Việt rất tốt[5].

Ông bắt đầu đến Việt Nam năm 1990, trong chương trình hợp tác giữa Nhật Bản và Việt Nam để khai quật một số mộ cổ ở Nghĩa Đàn, Nghệ An[2] và nghiên cứu về di chỉ làng Vạc.

Luận án thạc sĩ của ông nghiên cứu về công cụ đá của văn hóa Hòa Bình và văn hóa Sơn Vi. Luận án tiến sĩ của ông nghiên cứu về khảo cổ học ở đồng bằng sông Hồng và đồng bằng sông Mê Kông – Đồng Nai[6].

Ông Nishimura và các đồng nghiệp của ông ở Viện Nghiên cứu Tương tác Văn hóa thuộc Đại học Kansai, Nhật Bản đã có nhiều công trình hợp tác với Khoa Lịch sử, Trường Đại học Khoa học, Đại học Huế[6].

Năm 2001, ông kết hôn với tiến sĩ Noriko, lễ cưới của ông bà được tổ chức tại Bảo tàng Phụ nữ Việt Nam[1], và họ đã có hai con trai. Cả gia đình ông đã có nhiều năm gắn bó với Việt Nam[3].

Tiến sĩ Masanari qua đời sau một tai nạn giao thông trên đường 5 ở Hà Nội, khi ông đang đi xe máy để khảo sát ở chùa Dạm, ngôi chùa quan trọng bậc nhất của thời Lý, hiện còn lại cột đá rất nổi tiếng[5]. Do cả gia đình ông Nishimura đều gắn bó với Việt Nam, vì vậy nên gia đình ông đã có nguyện vọng thực hiện việc tang lễ của ông theo nghi thức của một người Việt[6]. Viện Khảo cổ học Việt Nam đã đứng ra tổ chức tang lễ cho ông[6]. Linh cữu của ông được chôn cất tại nghĩa trang xã Kim Lan, Gia Lâm, Hà Nội.[7]

Sự ra đi đột ngột của ông Masanari đã khiến nhiều người cảm thấy xót xa, nuối tiếc. Những lời tri ân và thương tiếc với Tiến sĩ Masanari đã xuất hiện trên khắp các diễn đàn, mạng xã hội, nhất là của những người đã từng được gặp và làm việc cùng ông[3]